Агенцията е създадена с регламент № 1077/2011 от 25 октомври 2011 г.Основната ѝ задача е да гарантира, че Визовата информационна система (ВИС) и Евродак (Европейската система за сравняване на дактилоскопични отпечатъци на лица, търсещи убежище) функционират денонощно без прекъсване. Агенцията ще започне да работи пълноценно от декември 2012 г. От 2013 г. тя ще управлява и Шенгенската информационна система от второ поколение (ШИС II). Агенцията ще отговаря също така и за сигурността на тези системи, за определени задачи, свързани с комуникационната инфраструктура, както и за различни дейности като наблюдение и докладване, изготвяне на статистика и обучение за националните органи. След като натрупа експертен опит, агенцията ще може да използва най-добрите съществуващи технологии и процедури за разработването и управлението на други информационни системи в областта на свободата, сигурността и правосъдието.